x さん

ワイバーンのサンダーブレスは攻撃力にも魔力にも依存しないようです。
1.装備なし2.剣を装備（ダメージUP）3.杖を装備（魔力UP）の3パターンで敵と戦ってみましたが、ダメージに変化はありませんでした。
単純にスキルレベルでダメージが決まるものと思われます。
なので、ダメージを上げるのであればワイバーンをレベルアップさせてスキルレベルを上げるのがいいと思います。